匿名希望さん  男性  40歳

オタクだとカミングアウトした上で「フェードアウトするなら今のうちだ」と言っているのは、後になって貴女がオタクを理由にNGと言わせないために、先手を打って宣言（確認）しているのだと思います。

もし貴女がオタクがイヤなのであれば（もしくは先々になってイヤになる可能性があるのであれば）、今のうちにお断りをしておいた方がいいかもしれません。
もしこの機会を逃して、後になって「やっぱりオタクは苦手なのでお断りします」なんて貴女が言ったりしたら、きっと彼は「じゃあ何故あの時にフェードアウトしなかったんだ！」と、逆切れするかもしれません。

つまりこれは、先手を打って自分の正当性を確認するための、最終確認ではないかと思われます。

たぶん彼的には、恐らく貴女とお別れすることは望んではいませんし、暗にフェードアウトして欲しいとはこれっぽっちも思っていないと思います。
むしろ自分のマイナス面を先に公にした上で、それでも付き合ってもらえるかどうかを貴女に聞いているのだと思います。

但し、その口調から質問の本意としては、「取り敢えずは引き続きメールの交換をしてもらえますか？」ではなく、「正式にお付き合いしてもらえるか？」の最終返答（ファイナルアンサー）を求めているようにも思えます。
後々になってオタク絡みで面倒臭いことになりたくないようであれば、今のうちにお断りをしておいた方が、もしかしたらいいかもしれません。
もちろん貴女が彼の趣味趣向よりも、内面を重視する方でしたら、引き続きお付き合いされても宜しいかとは思いますが…。